Elçibəy prezident seçildikdən sonra yeni hakimiyyət komandasının formalaşdırılmasına başlanıldı. Dövlət katibi vəzifəsini Elmlər Akademiyasının elmi işçisi, daxili işlər naziri vəzifəsini Sosialist Əmlakının Oğurlanmasına Qarşı Mübarizə İdarəsinin keçmiş əməkdaşı, xarici işlər naziri – fizik, müdafiə naziri – riyaziyyatçı, dövlət təhlükəsizliyi naziri – patoloqoanatom, Dövlət Gömrük Komitəsinin sədri – Azərbaycan Dövlət Universitetinin (indiki Bakı Dövlət Universiteti) müəllimi, Ordu Korpusunun komandiri vəzifəsini isə ipək kombinatının direktoru tutdu.
Paytaxtda və regionlarda icra hakimiyyəti başçıları vəzifəsinə dövlət idarəçiliyində demək olar ki təcrübəsi olmayan adamlar təyin edilmişdi. Tezliklə bu, təyin olunmuş şəxslərin tutduğu vəzifələrə tam uyğun gəlməməsindən, həmçinin hakimiyyətin müxtəlif pillələrində çoxsaylı korrupsiya faktlarından irəli gələn kadr "çexardası"nın səbəblərindən biri oldu.
Bu cür mürəkkəb vəziyyətdə hərbi quruculuq üzrə işlər görülürdü. Könüllü batalyonlarının üzvləri arasında müvafiq bacarıq və təcrübəyə malik olmayan, əksər hallarda komandirlərin əmrlərinə tabe olmayan və hərbi intizama riayət etməyən çoxlu müxtəlif ünsürlər var idi.
Hakimiyyətə gəldikdən sonra elə ilk günlərdə yeni hökumət Qarabağda hərbi hücumlara başladı. Müdafiə olunan Gülüstan qalası və Goranboy rayonunun kəndləri, demək olar ki, əhəmiyyətli itki olmadan işğaldan azad edildi. Tezliklə Azərbaycan Ordusu Ağdərə rayonundan qalibanə şəkildə keçərək onu Ermənistan silahlı birləşmələrindən azad etdi.
Avqustun əvvəllərində Azərbaycan Ordusunun hissələri Xankəndidən 12 km şimalda, Vəng kəndində yerləşirdi. Qarabağda və Ermənistanda döyüş əzminin zəifləməsi müşahidə olunurdu, Yerevanda (İrəvanda) prezident Levon Ter-Petrosyanın istefası tələbi ilə mitinqlər başlamışdı.
Lakin Azərbaycan Ordusunun bu uğurları diplomatik meydanda möhkəmləndirilməmişdi. Belə ki, Azərbaycan Parlamenti hələ 1991-ci ilin dekabrında Prezident Mütəllibovun Almatıda imzaladığı MDB-yə daxil olmaq haqqında müqaviləni ratifikasiya etməkdən imtina etmişdi. Azərbaycan yeni yaranmış dövlət üçün həyati əhəmiyyətli məsələlərin həll olunduğu dövlətlərarası təhsilə dair müzakirələrdə iştirak və səsvermə hüququndan tamamilə məhrum oldu.
Parlamentin qərarından sonra Azərbaycandan heç kəs MDB-yə üzv dövlətlərin başçılarının görüşünə getməmişdi. Hər dəfə Moskvada belə bir görüş keçiriləndə Azərbaycanın Rusiyadakı səfiri Hikmət Hacızadə müşahidəçi kimi iştirak edir və Ermənistan Respublikasının MDB-də Azərbaycana qarşı hansı addımları və necə atmasını çarəsizliklə izləməli olurdu.
Bunun nəticəsi olaraq, Ermənistan tərəfi hərbi dəstək ala və hücuma hazırlaşa bildi. Xarici siyasət sahəsində növbəti məğlubiyyət 1992-ci ilin oktyabrında ABŞ Konqresi tərəfindən absurd xarakterli "Azadlığa Dəstək Aktı"na 907-ci düzəlişin (foto əlavə edilir) qəbul edilməsi oldu. Düzəlişdə deyilirdi:
"Bu və ya hər hansı digər Akta uyğun olaraq,... Prezident Azərbaycan hökumətinin Ermənistana və Dağlıq Qarabağa qarşı bütün blokadaların aradan qaldırılması və digər hücum aktlarından istifadənin dayandırılması ilə bağlı bariz addımlar atdığını müəyyənləşdirərək bu barədə Konqresə məruzə edənədək, ABŞ tərəfindən Azərbaycan hökumətinə heç bir yardım göstərilə bilməz. Tezliklə hakimiyyət Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyasının (AMİP) simasında müxalifətlə qarşıdurma yaşadı. Birləşərək Mütəllibovu vəzifədən kənarlaşdıran dünənki silahdaşlar indi barışmaz düşmən olmuşdular.
Bu, xüsusilə televiziyada yayımlanmağa davam edən Parlament iclaslarında özünü daha qabarıq göstərirdi. Etibar Məmmədov və onun partiyasının üzvləri - hakimiyyətin siyasətindən narazı olan deputatlar parlamentdə Prezidentin və Hökumətin daxili və xarici siyasətində buraxdıqları istənilən, hətta ən cüzi səhvləri belə tənqid edirdilər. Məsələn, Hökumət çörəyin və digər ərzaq məhsullarının qiymətini qaldıran kimi yeni müxalifətin liderləri və onun əlaltıları olan mətbuat bunu tənqid atəşinə tutdu. Bu zaman tələb və təklif, büdcə, təsərrüfat hesabı, müharibə dövrünün çətinlikləri və s. kimi anlayışlar nəzərə alınmırdı. Yəni hakimiyyət daim müxalifətin təzyiqini öz üzərində hiss etməyə və onun sərt tənqidini eşitməyə başlamışdı. Vaxtilə "cəbhəçilər" də Mütəllibov hökumətinə qarşı bu metodlardan istifadə edərək hərəkət edirdilər.
Bu arada, 1992-ci ilin noyabrında Ermənistan Ordusu genişmiqyaslı hücuma keçmiş, 1993-cü ilin əvvəllərində Azərbaycan Ordusunu Ağdərə rayonundan çıxararaq Kəlbəcər rayonunun işğalına hazırlaşmağa başlamışdı.
Ordunun və müdafiə nazirinin fəaliyyət qabiliyyətsizliyi üzə çıxırdı. Rəhim Qazıyevin yalan vədləri artıq heç kəsi inandırmırdı. O, 1993-cü ilin fevralında istefa verir.
Bunun ardınca Elçibəy Qarabağdakı nümayəndəsi Surət Hüseynovu Bakıya çağırdı. Prezident Hüseynov ilə şəxsi söhbətdən sonra o, tutduğu bütün vəzifələrdən kənarlaşdırıldı və Yevlax Yun fabrikinin direktoru vəzifəsinə bərpa olundu.
Buna cavab olaraq, Hüseynov öz nəzarətində olan 709-cu briqadanı buraxmaqdan imtina edərək onu cəbhədən Gəncədəki bazaya geri göndərdi.
Bundan sonra Elçibəy Baş nazir Rəhim Hüseynovu vəzifədən kənarlaşdıraraq onun yerinə Pənah Hüseynovu təyin etdi. Hüseynova dəstək məqsədilə Neft Emalı Zavodunun direktoru Rəsul Quliyev Baş nazirin müavini təyin edildi.
Sonrakı hadisələrdən də məlum olduğu kimi, artıq heç nəyi dəyişə bilməyən bu kadr "çexardası" cəbhədə vəziyyətin pisləşməsi fonunda baş verirdi.
1993-cü il martın 27-də Ermənistan Ordusu Kəlbəcər rayonuna hücuma başladı. Azərbaycan Ordusunun hissələri bu hücumu dəf etməyə hazır deyildi – koordinasiya, dayanıqlı əlaqə və qarşılıqlı yardım yox idi. Erməni qoşunları lokal müqavimət ocaqlarını uğurla zərərsizləşdirirdi.
Erməni artilleriyası həm Qarabağın dağlıq ərazisindəki mövqelərindən, həm də Ermənistan tərəfindən Azərbaycan mövqelərinə atəş açırdı. Əhali təlaş içində qaçmağa başladı. Ya Murovdağın qarla örtülü aşırımı vasitəsilə, ya da vertolyotlarla xilas olmaq mümkün idi.
Aprelin 2-də erməni qoşunlarının Kəlbəcər rayonunun işğalı üzrə əməliyyatının başa çatdığı elan edildi. Bundan bir qədər sonra qalmaqallı daxili işlər naziri İsgəndər Həmidov istefa verdi.
Kəlbəcərin işğalı Xalq Cəbhəsi rejimi üçün ciddi zərbə oldu.
Bütün bunların fonunda Prezident Elçibəy ən böyük hərbi məğlubiyyətinin nəticələrini aradan qaldırmaq üçün ölkədə 2 ay müddətinə fövqəladə vəziyyət rejimi tətbiq etdi. Bunun ardınca hökumətdə kadr dəyişikliyi baş verdi, lakin bunlar artıq vəziyyəti dəyişə bilmədi.
Bununla belə, rayonun işğal edilməsi xarici qüvvələrin müdaxiləsi ilə bağlı ehtimallarla yanaşı, Ermənistanın dünya ictimaiyyəti tərəfindən qınanılmasına gətirib çıxardı.
1993-cü il aprelin 30-da BMT-nin Təhlükəsizlik Şurası Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsinə dair ilk qətnamə (822 saylı) qəbul etdi. Qətnamə hər iki tərəfi hərbi əməliyyatlara son qoyumağa çağırmaqla yanaşı, Ermənistana xüsusi müraciət də nəzərdə tuturdu. Bu müraciətdə Kəlbəcər rayonundan "işğalçı qüvvələrin dərhal çıxarılması" tələb edilirdi.
Kəlbəcərin işğalı Gəncədə baş verəcək qanlı hadisələrin müjdəçisi oldu. Şəhərdə Prezident Elçibəyin Qarabağ üzrə keçmiş nümayəndəsi Surət Hüseynov öz nəzarətində olan 709-cu hərbi briqadaya qayıdaraq AXC-Müsavat hökumətini devirmək üçün qalxan qiyama başçılıq edirdi.
İyunun 4-də hakimiyyət qiyamı yatırmaq üçün "Tayfun" adlı hərbi əməliyyat keçirdi. Əməliyyat zamanı Surət Hüseynovun hərbi briqadası hökumət qoşunlarının hücumuna məruz qaldı. Kazarmalar artilleriya silahlarından atəşə tutuldu, zirehli texnikadan istifadə olundu. Daxili Qoşunların hissələri və Prezident Qvardiyasının qüvvələri Gəncəyə yeridildi.
Amma inanılmaz bir şey baş verdi. Surət Hüseynov nəinki hücumu dəf etdi, hətta onu həbs etmək üçün orderlə Gəncəyə gələn Baş prokuroru, habelə milli təhlükəsizlik nazirinin müavinini və bir sıra digər yüksək vəzifəli şəxsləri saxladı. Surət Hüseynov əldə etdiyi uğurlarla kifayətlənmək niyyətində deyildi və Bakıya hücum etməyə hazırlaşırdı.
O vaxtlar Gəncədə olan jurnalist Tomas Qolts hərbi briqadanın dislokasiyası ərazisində Hüseynovun bu cür özündənrazılığının səbəbini öyrəndi: cəmi 10 gün əvvəl Gəncəni tərk etmiş 104-cü hava-desant diviziyasının bütün silah-sursatı onun əlinə keçmişdi. Özünü itirmiş hakimiyyət tərəfindən heç bir müqavimətə rast gəlməyən Hüseynov Azərbaycanın paytaxtına "yürüş"ə başladı
[9].