После избрания Эльчибея президентом началось формирование новой властной команды. Должность государственного секретаря занял научный сотрудник Академии наук, министра внутренних дел – бывший сотрудник ОБХСС, министра иностранных дел - физик, министра обороны - математик, министра государственной безопасности - патологоанатом, председателя Государственного таможенного комитета – преподаватель Азербайджанского государственного университета (ныне – Бакинский государственный университет), командира армейского корпуса - директор шелкового комбината и т.д.
В столице и регионах на должности глав исполнительной власти были назначены люди, практически не имевшие опыта государственного управления. Вскоре это стало одной из причин кадровой чехарды, вызванной полным несоответствием назначенных лиц занимаемым должностям, а также многочисленными фактами коррупции на разных ступенях власти.
В подобных непростых условиях велось военное строительство. Среди членов добровольческих батальонов было много разнородных элементов, которые не имели соответствующих навыков и опыта, зачастую не подчинялись приказам командиров и не соблюдали военную дисциплину.
Уже в первые дни после прихода к власти новое правительство начало военное наступление в Карабахе. Практически без существенных потерь из-под контроля армянских боевиков были выведены укрепленная крепость Гюлистан и села Геранбойского района. Вскоре Азербайджанская армия победоносно прошла по Агдеринскому району, освободив его от вооруженных формирований Армении.
В начале августа части Азербайджанской армии стояли в селе Ванк, в 12 км севернее Ханкенди. В Карабахе и Армении наблюдался упадок боевого духа, в Ереване (Иреване) начались митинги с требованием отставки президента Левона Тер-Петросяна.
Однако эти успехи Азербайджанской армии не были подкреплены на дипломатическом поле. Так, парламент Азербайджана отказался ратифицировать договор о вступлении в СНГ, подписанный еще в декабре 1991 года президентом Муталлибовым в Алматы. Азербайджан лишился возможности полноценного участия в обсуждениях и права голоса в важнейшем для страны межгосударственном образовании, где решались жизненно важные для молодого государства вопросы.
После решения парламента никто из Азербайджана на встречи глав государств - членов СНГ не ездил. Каждый раз, когда подобная встреча проходила в Москве, посол Азербайджана в России Хикмет Гаджизаде участвовал как наблюдатель и бессильно взирал на то, что и как предпринимала Республика Армения против Азербайджана в СНГ.
В результате армянская сторона смогла получить военную помощь и подготовиться к наступлению. Следующим внешнеполитическим поражением стало принятие в октябре 1992 года Конгрессом США абсурдной 907-й поправки к «Акту о свободе», которая гласила:
«Помощь США в соответствии с данным или каким-либо другим Актом... не может быть предоставлена правительству Азербайджана до тех пор, пока Президент не определит и не доложит Конгрессу о том, что правительство Азербайджана предпринимает демонстративные шаги по прекращению всех блокад и прочего наступательного использования силы против Армении и Нагорного Карабаха». Вскоре власти столкнулись с оппозицией в лице партии Национальной независимости Азербайджана (ПННА). Вчерашние соратники, которые совместно смещали Муталлибова с должности, стали теперь непримиримыми противниками.
Особенно ярко это проявлялось на заседаниях парламента, которые продолжали транслироваться по телевидению. Этибар Мамедов и члены его партии - депутаты, недовольные политикой властей, в парламенте подвергали критике любые, даже самые незначительные, промахи президента и правительства во внутренней и внешней политике. Так, например, стоило правительству поднять цены на хлеб и другое продовольствие, как это вызвало шквал критики со стороны лидеров и подручной прессы новой оппозиции. При этом в расчет не брались такие понятия, как спрос и предложение, бюджет, хозрасчет, трудности военного времени и т.д. То есть, власти на собственной шкуре стали постоянно чувствовать давление оппозиции и слышать её безапелляционную критику. В свое время такими же методами «фронтисты» действовали против правительства Муталлибова.
Тем временем в ноябре 1992 года армянская армия перешла в наступление, к началу 1993 года выбив Азербайджанскую армию из Агдеринского района и начав подготовку к захвату Кяльбаджарского района.
Недееспособность армии и министра обороны становилась очевидной. Залихватские обещания Рагима Газиева уже никого не убеждали. В феврале 1993 года он уходит в отставку.
Вслед за этим Эльчибей вызвал в Баку своего представителя в Карабахе Сурета Гусейнова. После личной беседы с президентом Гусейнов был снят со всех должностей и восстановлен в должности директора Евлахской шерстовальной фабрики.
В ответ Гусейнов отправил подконтрольную ему 709-ю бригаду с фронта обратно на базу в Гянджу, отказавшись при этом ее расформировать.
Затем Эльчибей сместил с должности премьер-министра Рагима Гусейнова, назначив вместо него Панаха Гусейнова. В подмогу Гусейнову вице-премьером был назначен директор нефтеперерабатывающего завода Расул Гулиев.
Вся эта кадровая чехарда, которая, как показали дальнейшие события, уже ничего не могла изменить, происходила на фоне ухудшения ситуации на фронте.
27 марта 1993 года начала наступление на Кяльбаджарский район. Азербайджанские части не были готовы отразить эту атаку – отсутствовали координация, устойчивая связь и взаимовыручка. Армянские войска успешно подавляли локальные очаги сопротивления.
Армянская артиллерия била по азербайджанским позициям как со стороны горных районов Карабаха, так и со стороны Армении. Население в панике начало разбегаться. Спастись можно было либо через заснеженный Муровский перевал, либо на вертолетах.
2 апреля было объявлено о завершении операции по захвату армянскими войсками Кяльбаджарского района. Вскоре после этого в отставку подал скандальный министр внутренних дел Искандер Гамидов.
Оккупация Кяльбаджара стала серьезным ударом для режима Народного фронта.
На этом фоне президент Эльчибей ввел в стране чрезвычайное положение сроком на два месяца, чтобы преодолеть последствия своего крупнейшего военного поражения. Последовали кадровые перестановки в правительстве, но они уже не могли изменить ситуацию.
Тем не менее, оккупация района вызвала осуждение Армении международным сообществом.
30 апреля 1993 года Совет Безопасности ООН принял первую резолюцию (№822) по армяно-азербайджанскому нагорно-карабахскому конфликту. Наряду с призывом к обеим сторонам прекратить военные действия, в резолюции имелось особое обращение к Армении, в котором содержалось требование «немедленного вывода оккупационных сил» из Кяльбаджара.
Потеря Кяльбаджара стала предвестником кровавых событий в Гяндже, где бывший представитель президента Эльчибея по Карабаху Сурет Гусейнов, вернувшийся в подконтрольную ему 709-ю воинскую бригаду, возглавил мятеж с целью свержения правительства НФА-Мусават.
4 июня с целью подавления мятежа власти провели военную операцию под названием «Тайфун». В ходе операции воинская бригада Сурета Гусейнова была атакована правительственными войсками. Казармы были обстреляны из артиллерийских орудий, была использована бронетехника. К Гяндже были стянуты части Внутренних войск и силы президентской гвардии.
Но произошло невероятное. Сурет Гусейнов не только отбил атаку, но и задержал прибывшего в Гянджу с ордером на его арест генерального прокурора республики, а также заместителя министра национальной безопасности и ряд других высокопоставленных лиц. Сурет Гусейнов не собирался останавливаться на достигнутом успехе и готовился наступать на Баку.
Побывавший тогда в Гяндже журналист Томас Гольц обнаружил на территории дислокации воинской бригады объяснение подобной самонадеянности Гусейнова: ему досталось все вооружение российской 104-й воздушно-десантной дивизии, покинувшей Гянджу всего лишь десять дней назад. Не встретив никакого сопротивления со стороны растерянной власти, Гусейнов двинулся «маршем» на столицу Азербайджана
[9].