Azərbaycanlıların Ermənistandan deportasiyasının sonuncu və öz miqyasına və icra üsullarına görə ən dəhşətli mərhələsi 1988-1991-ci illərə təsadüf etmişdir. 1948-1953-cü illərdəki deportasiyadan fərqli olaraq, o, Ermənistanın Azərbaycana qarşı ərazi iddiaları irəli sürməsi ilə eyni vaxta təsadüf etmişdi və buna görə də ağırlığı ilə fərqlənirdi. Vəziyyətin azərbaycanlılar üçün ağırlığı bununla bağlı idi ki, deportasiya azərbaycanlıların yaşadığı torpaqların tarixən ermənilərə məxsus olması iddiasına hüquqazidd əməllərlə haqq qazandırmaq istəyən Ermənistan inzibati və hüquq-mühafizə orqanlarının bilavasitə iştirakı ilə həyata keçirilirdi.
Sosial tərkibinə görə, Ermənistandan olan azərbaycanlı qaçqınların əsas hissəsini tarixi yurdlarını, ata-babalarına məxsus otlaqları, əkinə yararlı torpaqları, çəmənlikləri və s. tərk edən kəndlilər təşkil edirdi. Onların yalnız kiçik bir hissəsi kiçik sənaye şəhərlərinin və Yerevanın (İrəvanın) sakinləri idi.
Azərbaycanlılar erməni dilini bilir və ana dili olan Azərbaycan dilində olduğu kimi, bu dildə də səlis danışırdılar, lakin daimi ayrı-seçkiliyə məruz qalırdılar və hüquqları tapdalanırdı. Ermənistanda azərbaycanlılara "türk" olduqları daim hiss etdirilib.
Deportasiya başlanandan sonra Ermənistanın müxtəlif rayonlarından olan azərbaycanlıların onlarla nümayəndə heyəti, minlərlə ayrı-ayrı vətəndaş ali hakimiyyət orqanlarına, partiya və hökumət rəhbərlərinə müraciət etmiş, onlara qarşı həyata keçirilən zorakılıq aktları barədə təşviş içində məlumat vermiş, onların qarşısının alınmasını xahiş etmişdilər.
Bu alçaldılmış və təhqir olunmuş, yaxınlarını və ata yurdlarını itirmiş insanlar intiqam yox, ədalət istəyirdilər. Ancaq bütün bu siqnallar cavabsız qalır və onlara heç bir reaksiya verilmirdi. Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin 2 dekabr 1988-ci il tarixinə olan məlumatına əsasən, Ermənistandan olan qaçqınların sayı artıq 78 min nəfərdən çox idi
[17]. 1989-cu ildə SSRİ əhalisinin ümumittifaq siyahıya alınması üzrə məlumatlara əsasən, Ermənistan SSR-də hələ də 84 860 nəfər azərbaycanlı yaşayırdı - onlar Ermənistan SSR-i 1990-cı ildə tərk etmişdilər
[18].
Qaçqınlar müvəqqəti olaraq keçid məntəqələrində yerləşdirilir, buradan isə gələcək yaşayış məskənlərinə göndərilirdilər. Azərbaycanlıların Ermənistandan köç etməsi ilə Ermənistanla Azərbaycan arasında münaqişənin miqyası artmışdır.
Sovet Konstitusiyasının kütləvi şəkildə kobudcasına pozulduğu bir şəraitdə, Sovet rəhbərliyi qəbul etdiyi qərarlarda sadəcə bunu əsas götürürdü ki, ayrı-ayrı istehsal sahələrinin, nazirliklərin, hüquq-mühafizə orqanlarının rəhbərlərinin cəzalandırılması yolu ilə gücünə və formasına görə vulkan püskürməsinə bənzəyən bu siyasi prosesi dayandırmaq olar
[19]. Moskvada Ali rəhbərliyin qəbul etdiyi qərarların məzmunu açıq şəkildə sübut edirdi ki, mərkəzi hakimiyyət münaqişənin kim tərəfindən başlanmasından, ilk qaçqın axınının haradan gəlməsindən asılı olmayaraq, bütün kritik vəziyyətlərdə münaqişə tərəflərinin məsuliyyətinin bərabərləşdirilməsi prinsipinə sadiq qalmışdır.
Moskva baş vermiş faciənin humanitar və siyasi nəticələrini, onun azərbaycanlıların və ermənilərin birgə, qonşuluq şəraitində yaşadığı bütün yaşayış məntəqələrinə qaçılmaz təsirini anlamadı və layiqincə qiymətləndirmədi. Bu hadisələr göstərdi ki, Sovet rəhbərliyinin niyyətindən asılı olmayaraq, onun siyasi və təşkilati səylərinin ikimənalı xarakteri, tərəflərin bərabər məsuliyyəti taktikası prosesin idarəolunmaz hala gəlməsinin, münaqişə tərəfləri arasında getdikcə daha da şiddətli polemikaya sövq etməsinin və hər iki tərəfdə mərkəzi hakimiyyətə inamsızlıq yaratmasının əsas səbəblərindən biri idi.
Beləliklə, 1988-ci ildən başlayaraq bir neçə il ərzində qaçqın fenomeni Azərbaycanın siyasi və sosial həyatının qarşısıalınmaz amilinə çevrildi.