Последняя и самая трагическая по своим масштабам и методам депортация азербайджанцев из Армении проводилась в 1988-1991 годы. В отличие от депортации 1948-1953 годов, она по времени совпала с началом территориальных притязаний Армении против Азербайджана, в силу чего отличалась особой жесткостью. Безысходность ситуации для азербайджанцев была связана с тем, что депортация осуществлялась при непосредственном участии административных и правоохранительных органов Армении, которые пытались оправдать свои противоправные действия «исторической принадлежностью армянам» земель, на которых проживали азербайджанцы.
Основную часть азербайджанских беженцев из Армении составляли сельчане, которые были вынуждены оставить свои родные земли - пастбища, поля, сады, луга, где веками трудились их отцы, деды, прадеды. Лишь небольшой процент изгнанных из Армении наших соотечественников составляли жители небольших промышленных городов и Еревана (Иревана).
Азербайджанцы владели армянским языком и общались на нем так же свободно, как и на родном - азербайджанском. Но армяне постоянно давали им понять, что они для них чуждые «турки».
После начала депортации десятки делегаций азербайджанцев из разных районов Армении, тысячи отдельных граждан обращались в высшие органы власти, к руководителям партии и правительства, с тревогой сообщая о проводимых против них актов насилия, просили предотвратить подобное беззаконие.
Униженные и оскорблённые, потерявшие близких и отчий кров, они ждали не возмездия, а справедливости. Однако все эти сигналы оставались без ответа и какой бы то ни было реакции. По данным Совета министров Азербайджанской ССР, на 2 декабря 1988 года число беженцев из Армении в республике превышало уж 78 тысяч человек
[17]. По данным же Всесоюзной переписи населения СССР, проведенной в 1989 году, в Армянской ССР все еще проживало 84 860 азербайджанцев, которые покинули Армянскую ССР к 1990 году
[18].
Беженцы размещались во временных пунктах, откуда затем направлялись в места дальнейшего проживания. С изгнанием азербайджанцев из Армении возросли масштабы армяно-азербайджанского конфликта.
В условиях, когда в массовом порядке грубо нарушалась Конституция СССР, в принятых решениях советское руководство исходило из того, что лишь наказанием отдельных руководителей производств, министерств, правоохранительных органов можно остановить сугубо политический процесс, по силе и формам подобный извержению вулкана
[19]. Содержание решений, принимаемых высшим руководством в Москве, было ярким свидетельством того, что центральная власть неизменно следовала принципу уравнения ответственности сторон конфликта во всех критических ситуациях, вне зависимости от того, кто инициировал конфликт, откуда появились первые потоки беженцев.
В Москве не поняли и недооценили гуманитарных, политических последствий произошедшей трагедии, ее неизбежную проекцию на все населённые пункты совместного, соседского проживания азербайджанцев и армян. Данные события показали, что, независимо от намерений советского руководства, двусмысленный характер его политических и организаторских усилий, тактика равной ответственности сторон были одними из главных причин того, что процесс стал неуправляемым, все больше провоцировал ожесточённую полемику между конфликтующими сторонами, вызывая рост недоверия к центральной власти с обеих сторон.
Таким образом, начиная с 1988 года и в течение целого ряда лет феномен беженцев стал неустранимым фактором политической и социальной жизни Азербайджана.